Byakugan
Clan : Hyûga
Utilisateurs : Tout le clan Hyûga
Les pouvoirs de cet oeil existent dès la naissance et ne doivent pas être développés. Néanmoins, il doit être activé pour être utilisé.
Le byakugan permet principalement de voir avec précision les flux de chakra et les tenketsus, ce qui permet à celui qui le possède de bloquer le flux de chakra de son adversaire.
Il permet aussi de voir très loin et à 355°, ce qui est très utile pour la filature, la poursuite et repérer un ennemi ou une attaque en général.

Sharingan
Clan : Uchiha
Utilisateurs : Itachi, Sasuke, Obito, Kakashi
Les pouvoirs de cet oeil doivent être dévelopés, et tous les Uchiha n'en sont pas capables. Une fois dévellopé, l'oeil doit ensuite être activé pour utiliser ses pouvoirs.
Le Sharingan est probablement la meilleure arme que puisse posséder un ninja : il permet de copier n'importe quelle technique de Genjutsu et de Ninjutsu et de la reproduire jusqu'à un certain niveau, généralement élevé (sauf les techniques génétiques), ainsi que des mouvements classiques, donc les techniques de Taïjutsu. Il sert aussi à anticiper les mouvements ce qui donne presque obligatoirement l'avantage au corps à corps. Enfin, il permet d'utiliser des techniques de Genjutsu et de voir les flux de chakra, mais moins précisément que le Byakugan.
Le Sharingan est capable de "voir" une technique, de la "comprendre" et de "lire au travers" : un utilisateur du Sharingan peut donc retourner un Genjutsu ou un Ninjutsu "mental" (techniques qui agissent sur l'esprit, pas sur le corps) sur son utilisateur, peu importe le niveau de la technique ou de l'adversaire.
Il existe 3 niveaux de Sharingan aux même propriétés (plus le niveau est élevé, plus les pouvoirs du Sharingan sont importants), puis un niveau supérieur, le Mangekyou Sharingan.

Mangekyou Sharingan
Clan : Uchiha
Utilisateurs : Itachi, Kakashi
Pour dévelloper ce niveau de Sharingan, il faut, d'après la légende des Uchiha, tuer son meilleur ami. Il faut ensuite activer cet oeil pour utiliser les pouvoirs qu'il confère.
On ne connaît que 2 personnes possédant le Mangekyou Sharingan : Uchiha Itachi et Hatake Kakashi. Leur 2 Mangekyou Sharingan étant différents, on ne sait pas si il existe un Mangekyou Sharingan différent pour chaque personne, ou si le Mangekyou Sharingan de Kakashi est une exception due au fait qu'il n'est pas un Uchiha et/ou qu'il a obtenu sa technique sans réaliser la condition (tuer son meilleur ami).
Dans tous les cas, le Mangekyou Sharingan est surpuissant, mais extrêmement fatiguant et l'utiliser fait se dégrader irrémédiablement la vue.

Mangekyou Sharingan (Itachi)
Le Mangekyou Sharingan permet à Itachi d'utiliser un puissant Ninjutsu Katon, Amaterasu, et un puissant Genjutsu, Tsukuyomi.
Ces 2 noms étant les noms de 2 des 3 divinités principales du Shintoïsme, (une religion japonaise), on pense que le Mangekyou Sharingan d'Itachi permettrai d'utiliser une 3ème technique portant le nom de Susanoo (la 3ème divinité principale du Shintoïsme), qui est probablement un Taïjutsu.

Mangekyou Sharingan (Kakashi)
Le Mangekyou Sharingan de Kakashi lui permet d'envoyer un point qu'il fixe dans une autre dimension. Il arrive ainsi à envoyer le bras de deidara, puis deidara tout entier (un clone en fait) dans une autre dimension.
Cette technique, très utile, ne peut néanmoins être utilisé que 2 fois par jour au grand maximum, alors que Kakashi arrive à utiliser le Chidori 4 à 5 fois par jour.